职能部门的工作原则：各职能部门在会长统一领导下开展工作，秘书长负责协调工作。
部门设置：秘书处、投资部、财务部、宣传部、合作发展部、权益部。
一、秘书处职责
1、主持商会日常工作，制订年度工作计划并组织实施；其它五个部门的日常工作，由秘书处统一安排协调。
2、负责秘书处日常事务处理和综合协调，为会员单位协调关系、提供服务，确保上情下达和下情上报。
3、负责拟定相应的规章制度、单位年度总结、工作计划、大事记以及其他重要文稿（如工作报告、领导讲话等）。
4、负责审核会刊稿件等。
5、负责安排商会的调研、考察、走访等工作。
6、负责保密、资料、档案等工作。
7、负责商会印章和资产管理等工作。
8、负责会议的组织安排、记录整理及决议、决定事项的办理和督促落实工作。
9、负责商会公益慈善事业的规划提报。做好商会公益慈善类文书的起草、立卷、管理；有关公益慈善活动的信息汇总、发布及宣传工作；
10、负责商会公益慈善基金的选择、考察、募集、组织实施及监督工作；
11、负责会员发展、登记的管理、联络工作；负责申请入会企业的入会资格审查；做好会员建档管理工作，印制会员通讯录，寄发会刊。
二、投资部职责
1、负责合肥全椒两地各级政府间的交流联络工作。
2、负责收集和发布合肥全椒两地各级政府的投资商业信息。
3、负责协助组织实施商会重大合作项目。
4、负责为会员提供政府的有关产业政策咨询。
5、负责承办领导安排的其他相关工作。
三、财务部职责
1、负责商会的收支核算、账目处理等工作。
2、负责会费的督促收缴和管理使用工作。
3、负责按季分析、汇报和公布账目收支情况。
4、负责财务收支预算和预算内经费的控制工作。
5、负责商会固定资产、无形资产的计价、入账管理等。
6、负责承办领导安排的其他相关工作。
四、宣传部职责：
1、负责组织会员学习贯彻党的路线、方针、政策和国家的法律、法规等。
2、负责与合肥全椒两地党政部门、新闻单位及相关部门开展信息交流工作。
3、负责商会网站信息收集、发布、更新等工作。
4、负责商会及会员单位重要活动、先进事迹的宣传报道工作。
5、负责商会调研、考察、培训、活动策划、组织宣传工作。
6、负责承办领导安排的其他相关工作。
五、合作发展部
1、负责商会经营项目的开发、规划的提报并组织实施。做好商会经济类文书的起草、立卷、管理；
2、负责商会会员间经济交流合作，做好本会会员内部业务信息的收集、整理、传递，促进会员企业间信息互通，资源共享、优势互补；
3、根据会员需求，对会员企业的经营管理进行指导，促进会员企业健康、快速发展；
4、组织会员参加经贸洽谈、商品展销、招商引资等商务活动，为商会和会员企业的发展创造商机；
5、组织落实商会的经济开发项目，实现互利共赢；
6、做好商会有关经济发展工作的有关事宜。
六、权益部职责
1. 负责协调和处理日常法律事务；
2. 负责协调起草和审核商会重要规章制度；
3. 负责参与商会重要合同的审核和谈判工作；
4. 负责为会员单位提供法律服务；
5. 负责组织开展法律知识培训工作；
6. 负责承办领导安排的其他相关工作。